Um die natürlichen Wasser- und Tideverhältnisse nicht zu beeinflussen, ist das Lesumsperrwerk in der Regel geöffnet. Erst bei zu erwartenden Wasserständen von 30 cm über dem mittleren Tidehochwasser (MThw) werden die Hubtore geschlossen.
Grundvoraussetzung für den Betrieb des Lesumsperrwerks ist eine möglichst genaue Vorhersage der zu erwartenden Tidewasserstände. Hinweise geben die regelmäßigen Prognosen des Bundesamtes für Seeschifffahrt und Hydrographie in Hamburg. Um ein exakte Vorhersage machen zu können, ist eine genaue Kenntnis der von See her einlaufenden Tidewelle Voraussetzung.
Im Allgemeinen reicht die Kenntnis der Scheitelwasserstände beim Leuchtturm Alte Weser und Fedderwardersiel aus. Diese Werte ermöglichen eine Vorhersage des zu erwartenden Wasserstandes an den drei Sperrwerksstandorten mit einer Genauigkeit von weniger als +/- 5 cm. Die Wasserstände werden auch durch die zufließende Wassermenge aus dem Oberwasser beeinflusst. Das Lesumsperrwerk wird abhängig von der zufließenden Oberwassermenge grundsätzlich so rechtzeitig geschlossen, dass im Sommer ( vom 1. April bis 15. November) die Überlaufpolder nicht beaufschlagt werden.

Im Winter (16. November bis 31. März) wird versucht, ausreichend Speicherraum in den Poldern zu behalten. Ziel ist, in der bremischen Wümmeniederung bei Borgfeld die Wasserstände im Sommer nicht über NN + 2,10m und im Winter NN + 2,70m ansteigen zu lassen. Dies ist im allgemeinen möglich wenn am Sperrwerk alle Tiden gekehrt werden, die über NN + 2,70m auflaufen. Das bedeutet, am Lesumsperrwerk wird in der Regel bereits bei Tiden geschlossen, die 30cm höher als das derzeitige Mitteltidehochwasser (MThw) auflaufen. Es ist aber bei höheren Oberwasserzuflüssen durchaus möglich, dass am Lesumsperrwerk bereits im Niedrigwasserkenterpunkt geschlossen wird (so genannte "Vollsperrung").
Das Schöpfwerk wird bei übermäßigen Oberwasserzufluss, der den maximalen Binnenwasserstand von NN + 3,20m überschreiten würde, in Betrieb genommen. Dieser Sachverhalt war in den vergangenen 30 Jahren bislang aber nicht der Fall.